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核酸染料目前已经有很多种类型，我们在做实验进行选择的时候，有哪些因素制约着我们呢，我们应该用哪些指标去评价它们，最终找到适合的染料呢？下面从安全性、灵敏度、稳定性、对染色效果的影响（比如染色方法、迁移率等）以及价格等方面来对染料进行评价。
1、安全性
如果选择EB替代染料，那么染料的安全性就是一个非常重要的指标。安全性评估主要的检测有Ames测试、细胞渗透性实验、染色体畸变和正向突变分析、口服毒性分析等。在安全性方面，具有较多检测项目和机构出具检测报告的染料，安全性可能会更高；另外在一些报道或对比数据中，我们也可根据它们可能的原料来判断它们的安全性。
2、灵敏度
几乎所有的EB替代染料都宣称其染料的灵敏度至少不低于EB，甚至高于EB，具体到试验内容上，只要不是有特殊的需求一般都能满足。
3、稳定性
核酸染料的稳定性和在各种条件下的染色效果，会直接影响观察到的染色结果。
4、迁移率
在介绍迁移率之前，先了解下常用的染料电泳中应用的3种方式。
（1）点染法：是指将染料、样品和上样缓冲液混在一起，直接在胶上点样；
（2）胶染法：是指在将融胶倒入胶板前，把染料加入融化的琼脂糖凝胶溶液中混匀，然后再倒入胶板，这种方法也是常用的方法；
（3）泡染法：是指在电泳时不加入任何染料，在电泳完成后，将胶置入含有一定浓度染料的染液中进行染色。
由于所有的核酸染料最终都会结合到DNA上，才能通过染料从而对DNA进行分析，这也就意味着如果采用点染法或胶染法进行核酸检测时，根据使用的染料不同，染料或多或少会对核酸的迁移率甚至带型产生影响。一般来说，染料分子越大，安全性会越高；但同时，用胶染法对电泳的迁移率或带型影响就越明显，虽然可以通过减少核酸上样量等方式来进行改善，但仍达不到泡染法的效果。这也是为什么大多数染料（低毒/无毒）厂商建议，采用泡染法来得到准确、漂亮的核酸带型。
当然，对带型、迁移率等的影响除了核酸染料外，还有其它的影响因素，比如琼脂糖的质量，电泳缓冲液的缓冲能力等都有可能对带型和迁移率产生影响。
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