多氯二苯并对二噁英 (PCDDs) 和多氯二苯并呋喃 (PCDFs) 合并称作二噁英，属于环境污染物，具有强烈的生物累积性，在动物和人类中产生多种毒性终点，其中2,3,7,8- TCDD被国际癌症研究机构列为1A类致癌物。人类非职业接触二噁英的主要途径是食用动物性食品，向前追溯则源自于饲料和/或动物自由散养。环境、食品、饲料的二噁英水平在全球范围内受到严格法规监管，与之配套的检测方法包括EPA 1613, EPA 23, EN 1948, EN 16215, HJ 77, GB 5009.205系列等，同时人体二噁英暴露水平也是科研人员关注和追踪的重点。

二噁英异构体众多，因此实际样品溶液常常含有异构体、同系物、类似结构的干扰物，这些干扰物的离子无法通过低分辨质谱剔除，因此需要质量选择性更强的仪器，例如高分辨磁质谱。EPA 1613明确指出所使用的HRMS分辨率(m/△m)应达到10000。双聚焦磁质谱DFS具有60000的静态分辨率，因此具有高选择性，能够有效从背景中提取目标离子。

制定低检测限旨在消除二噁英暴露风险。要分析亚pg和fg水平的二噁英，过去数十年间磁质谱是唯一可以满足数据质量指标的技术。高选择性自然派生高灵敏度，尤其使用选择离子扫描（MID）时，其灵敏度比普通全扫描高出2个数量级，使得亚pg和fg水平的二噁英检测成为二噁英实验室日常。

不同于磁质谱的高分辨率派生高选择性，三重四极杆质谱通过二级质量过滤提高选择性。MS/MS会减少离子传输导致信号减弱，但化学噪音的损失比分析物信号损失更大因此信噪比增加。另一方面，二噁英分子是唯一一类在MS/MS模式失去-COCl(63amu)基团的化合物，该特异性使干扰极少，2378-TCDD的定量限可低至20fg的柱上进样量，接近高分辨磁质谱的灵敏度。但这种特异性仅限于PCDD/Fs分子。

2010年，欧盟成立了一个MS/MS核心工作组，讨论不同实验室应用不同供应商GC-MS/MS系统评估食品和饲料中二噁英和多氯联苯的经验，评估参数包括检测下限、线性、重现性、稳定性、常规分析的适用性，并将GC-MS/MS和GC-HRMS结果比较。随后，欧盟法规EU 589/2014，EU 644/2017，EU 771/2017依次颁布，允许GC-MS/MS仪器作为控制食品和饲料中二噁英最大含量的备选确证方法，但仅用于样品中最大限量的合规性判定。

在我国，赛默飞的三重四极杆气质TSQ 9000和TSQ9610也参与验证了GB 5009.205-2024的部分工作，并在头部TCI公司投入使用。

另外，三重四极杆质谱的使用和维护相对简单，对实验室温湿度要求不高，适用于日常检测。