四、定点突变
定点突变引物设计与PCR扩 增
1. 引物设计要求:5’- 15-21bp 反向互补区域 + 至少 15bp 非互补区域 -3’,反向互补区域 GC含量 40%-60%,待突变位点至引物 3 ’ 端 Tm 值 >60°C。根据实验需求选择对应模块进行引物设计;
2. 建议使用试剂盒搭配的扩增模块进行 PCR 扩增,并摸索退火温度,优化反应体系和程序;
3. PCR 扩增体系的模板质粒投入量推荐 50 μl 体系投入 1 ng,扩增循环数应当≤ 35 个。
扩增产物DpnI消化和纯化回收
1.取 5μl 扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳鉴定,判断是否存在目的大小的条带后,剩余产物使用 DpnI 消化(45μl 扩增产物加入 1 μl DpnI,轻轻吸打混匀后,在 PCR 仪中 37°C反应 1-2 h消化质粒模板,再 70°C反应 15 min 使 DpnI 失活);
2. 推荐使用切胶回收的方式纯化(切胶时间最好控制在 3 min 内,避免紫外照射对 DNA 的损伤),回收浓度使用 NanoDrop/OneDrop 等仪器检测,浓度应≥ 20ng/μl,并跑胶鉴定回收产物是否为单一目的条带;
3. 回收浓度低时,可通过增加反应体系,采取多管反应单管回收的方式,提高回收产物的浓度。
重组反应
1.连接反应体系按照说明书要求计算投入量,体系中各组分投入体积≥ 1μl,若浓度过高可稀释后使用;
2.连接反应程序按照说明书要求进行,建议在 PCR 仪中反应。
感受态转化
1. 连接产物转化的感受态细胞选择使用 DH5α、Fast-T1 等克隆用化学感受态细胞;
2. 感受态细胞不可反复冻融使用,-80°C取出后建议一次用完;
3. 重组产物体积与感受态细胞体积的比例为 1:10,推荐 10μl 重组产物加入至 100μl 感受态细胞或 5μl 重组产物加入至 50μl 感受态细胞;
4. 热激时间:按照感受态细胞说明书操作进行;
5. 平板抗生素抗性:平板使用抗性与转化的载体抗性需保持一致;
6. 菌液涂板体积:将菌液离心(2500×g,3min),移液枪吸取丢弃多余 LB 培养基,保留100μl 重悬后全部涂板;或吸取合适体积涂板。
常见问题分析:
质粒模板无法正常扩增
1. 引物设计错误:反向互补区域长度应为 15-21bp 之间,过长过短均影响重组效率;GC 含量以 40-60% 之间最适,超出范围影响重组效率。建议使用 CE Design 在线设计;
2. 质粒模板质量差:凝胶电泳检测质粒模板,若出现开环、线性条带、拖尾等条带,说明模板质量差,需重新制备;
3. PCR 反应体系 / 程序设置不当:质粒模板投入量过多会抑制 PCR 反应,建议 50μl 体系投入 1ng;基于上下游引物 Tm 值,设定适宜范围进行梯度摸索;质粒长度超过 8kb 时,可尝试变更为双 / 多点突变策略,分段扩增。
非目标位点碱基突变
1. 测序克隆数过少:测序克隆数只有 1 个时,测序信息部分可信,建议多测几个单克隆,检查突变处的测序信号是否有问题,分析突变是否从模板引入;2. 突变位置:若碱基突变位于引物处,建议重新合成引物再次实验;位于其他部位的突变,应当使用高保真酶重新制备模板再次实验。
2. 重组反应体系不符合要求:产物切胶回收且回收浓度不低于 20ng/μl;回收产物按说明书
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公式计算投入量;浓度过高时需稀释使用,保证体系投入体积不小于 1μl。
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