对于气相色谱而言，气路连接管带来的问题主要存在于这个方面。如果管路清洁程度不够，即使使用高纯度的气源，在气体流经管路的过程中，会将管路表面的污染物带入仪器和色谱柱，导致基线噪声过大、毛刺和杂峰；
管路的清洁要求
对于气相色谱分析而言，良好的气源纯度对分析极为重要，除了保证气源的质量之外，气源的传输管线则显得极为重要。为了保证输入气相色谱的气源和色谱内部气路的气体的清洁，建议从色谱耗材供应商处购买预处理过的、合乎清洁要求的管路——不要从街边或者五金店随意购买。
在使用管路连接气源和仪器时，一般需要将管路裁剪为合适的长度。如果是铜管或者不锈钢管，则需要使用锉刀、钳子、切管钳或者工具。使用锉刀和钳子是便宜和节省费用的切割金属管的方式。首先使用锉刀在金属管上锉出一圈约金属管壁厚一半的凹槽痕迹，然后用洗耳球或者压缩空气吹干净表面的金属碎屑，再者使用钳子以凹槽痕迹为中心轻轻弯折管路，即可将金属管折断；后使用锉刀将切口磨平，同时用用洗耳球或者压缩空气吹干净表面的金属碎屑。
使用锉刀和钳子便捷省事，但是可能会带来大量的金属碎屑进入管路，同时切口可能不平，有可能划破用来密封的O型圈等。这些细节在操作时候应当格外注意。对于不锈钢管路来说，其具有铜管路的所有的优点；特别需要注意的是，同样规格的不锈钢管路要比铜管路硬度高，这样就避免了铜管反复拆装过程中带来的变形和易折断的缺点。
