厌氧反应器的优点十分明显，但也存在一些局限性。

首先，它对温度和营养物质的要求较为严格。适宜的温度控制对厌氧微生物的生长及其降解效果至关重要，而在较低温度下处理工业废水时，效果可能受到限制。此外，厌氧微生物对氮、磷等营养元素的需求较高，若废水中这些营养物质的含量不足，可能会影响反应器的性能。

其次，厌氧反应器的稳定性相对较差。厌氧微生物的生长速度较慢，且对外部环境变化较为敏感。这意味着在处理厌氧废水时，温度、营养物质和pH值等外部因素的变化可能会导致处理效果的不稳定。 此外，厌氧反应器的处理速度较慢。由于厌氧微生物的生长速率较低，反应器在废水处理上的速度和效率相对较低，这可能不适合一些对处理效率要求较高的废水。

综上所述，尽管厌氧反应器在处理高浓度有机废水、含硫化物和氮化物的废水方面具有能耗低和污泥产生量少等优点，但其对温度和营养物质的高要求、较差的稳定性以及较慢的处理速度等局限性也需引起重视。在选择废水处理设备时，应综合考虑厌氧反应器的优缺点，以满足不同的处理需求和实际情况。