激光显微镜具有高度适应性，并且是非接触式检测。为了改善场景的深度，必须在高度方向上进行扫描以获得一系列切片，然后重叠以获得三维图像。
使用方法：
(1)开启仪器电源及光源：一般先开启显微镜和激光器，再启动计算机，然后启动操作软件，设置荧光样品的激发光波长，选择相应的滤光镜组块。以便光电倍增管检测器能得到足够的信号结果。使用汞灯的注意事项同普通荧光显微镜。
(2)设置相应的扫描方式：在目视模式下．调整所用物镜放大倍数，在荧光显微镜下找到需要检测的细胞。切换到扫描模式，调整双孔针和激光强度参数，即可得到清晰的共聚焦图像。
(3)获取图像：选择合适的图像分辨率，将样品完整扫描后，保存图像结果即可。
(4)关闭仪器：仪器测定样品结束后，先关闭激光器部分，计算机仍可继续进行图像和数据处理。若要退出整个激光扫描显微镜系统．则应该在激光器关闭后，待其冷却至少10分钟后再关闭计算机及总开关。
