色谱是一种分离分析手段，分离是核心，因此担负分离作用的色谱柱是色谱系统的心脏。对色谱柱的要求是柱效高、选择性好，分析速度快等。

要选择色谱柱，先需要确定要使用的是填充柱还是毛细管柱。

填充柱比毛细管柱具有更高的样品容量，尽管这一差距由于 HP 发明了大孔 530mm 毛细管而大大缩小，检测器灵敏度的改进也减少了对大剂量样品的需要。填充柱的优势领域是气体样品的分析。

对于几乎所有的其他样品，毛细管柱具有高很多的效率（窄峰），这可以大大改进峰分离。实际上，分离能力很大，以于许多分析物在很简单的分析中使用非常短的色谱柱就可以完成分离了。节省的时间可以直接转化为循环时间的缩短和样品通量的增加。因此，对于新的或更新的方法，如果没有非常具有说服力的理由使用填充柱的话，一般推荐使用毛细管柱。